Temporadas 2006-2009

Santa Fe comenzó la temporada 2006 clasificando a la fase de grupos de la Copa Libertadores 2006, luego de empatar sus dos juegos contra el Defensor Sporting de Uruguay, pero gracias a sus anotaciones como visitante en el empate 2-2 en Montevideo, y la paridad 0-0 en Bogotá, el equipo bogotano se logra posicionar en el grupo 2 de la copa.

En el certamen, Santa Fe fue el mejor club colombiano. David Montoya se mostró como su máxima figura. En el grupo 2 Santa Fe fue primero por encima de Estudiantes de La Plata, Sporting Cristal y Bolívar. En octavos de final, Santa Fe quedó eliminado a manos de las 'Chivas' de Guadalajara, luego de que en la ida perdieran 3:0 y en en el partido de vuelta en Bogotá se impusieran por 3:1, quedando eliminados con un marcador global de 4-3. Un factor determinante en dicha derrota fue el lamentable deterioro de la gramilla del Estadio Nemesio Camacho El Campín.

En el Torneo Apertura 2006 Santa Fe queda eliminado, en el puesto 14, principalmente debido a la participación en la Copa Libertadores. El técnico Germán 'Basílico' González deja su cargo y se posesiona en el mismo el argentino Ricardo Gareca.

Para el Torneo Finalización 2006, Ricardo Gareca dimite a su cargo en la octava jornada luego de la goleada sufrida por Santa Fe 1-4 frente al Deportivo Pereira en el Estadio El Campín. El club asigna el cargo de técnico a Pedro Sarmiento, sin embargo éste no lo pudo clasificar, quedando eliminado en el puesto 12.

En el Torneo Apertura 2007 Santa Fe hace una buena campaña, clasificando séptimo a los cuadrangulares semifinales. En esa fase, el club 'Cardenal' quedó último del Grupo A, siendo superado por Atlético Nacional, Deportivo Cali y Boyacá Chicó.

En el Torneo Finalización 2007 Pedro Sarmiento es licenciado del cargo en la novena fecha, luego de cuatro partidos sin victorias. Arturo Leyva dirigió al equipo desde el partido frente a Real Cartagena hasta la última fecha, finalizando último del campeonato con apenas 13 puntos, los mismos del club cartagenero que descendió a la Primera B. Siendo esta la peor campaña en la historia del club cardenal.

Para el Torneo Apertura 2008 llega Fernando 'Pecoso' Castro a dirigir el equipo con el objetivo de llevarlo hasta el título. Las cosas marchaban bien, ya que Santa Fe clasificó tercero con 31 puntos a los cuadrangulares semifinales, fase en la cual quedó eliminado al ubicarse de nuevo tercero del grupo A con apenas 7 unidades. Debido a ese hecho y una polémica entre el entrenador y el periodista Carlos Antonio Vélez por la posible llegada de Hernán Darío Gómez a dirigir a Santa Fe, el técnico "Pecoso" deja su cargo al término del torneo.

Justamente, para el Torneo Finalización 2008, Hernán Darío Gómez es nombrado como entrenador de Santa Fe, sin poder clasificar a los cuadrangulares semifinales, dejando al equipo en el puesto 11 con 26 puntos.

Para el Torneo Apertura 2009 Gómez sigue en el cargo, pero luego de la derrota de Santa Fe 2-3 frente al Deportes Quindío el el Estadio El Campín, decide renunciar a su cargo, retractándose tres días después luego de charlar con jugadores y directivos. El 3 de mayo, luego del empate 1-1 frente a Atlético Nacional, 'Bolillo' renuncia una vez más, esta vez siendo su dimisión aceptada por los directivos de Santa Fe. Al equipo lo tomó las últimas tres fechas Heriberto Niño, quedando al final en el puesto 14 con 21 puntos.

Copa Campeón Colombia 2009

Para el Finalización 2009 se sentaría en el banco de nuevo Germán 'Basílico' González quién fuera subcampeón del Torneo Apertura 2005. En este nuevo ciclo, Basílico le da un nuevo aire al equipo, logrando ganar la Copa Colombia 2009 contra el Deportivo Pasto en el Estadio El Campín en una definición por penaltis con un 5-4 a favor, luego de presentarse un empate 2-2 en el global, asegurando con esto la participación en la Copa Sudamericana 2010. Acabando en segunda instancia con una racha de 20 años sin títulos y 3 sin competencia internacional.

Durante el certamen, Santa Fe se clasificó como segundo de su grupo con 18 puntos, uno menos que su rival de patio Millonarios, en la segunda fase superó al Cúcuta Deportivo 5-4 en los penales luego de haber quedado empatados con un marcador global de 5-5,posterior a esto el "rojo bogotano" se enfrentó al Deportivo Pasto en la tercera ronda, cayendo al final de esta fase con un marcador de 4-3 en el global, sin embargo, gracias al sistema de clasificación de ese entonces logra avanzar a semifinales como el perdedor afortunado. Ya en semifinales Santa Fe se enfrentó al Atlético Nacional; los dos equipos empatarían al final de los 180 minutos con un marcador global de 4-4, obligando de esta manera a una definición desde el punto blanco del penalti, la cual terminaría clasificando a los bogotanos a la final del torneo con un total de 4-2.

González también logro en aquella ocasión la clasificación a los cuadrangulares finales del Torneo Finalización, luego de terminar segundo con 30 puntos, 8 menos que el líder y posterior campeón el Independiente Medellín, ocupando finalmente la tercera posición del grupo B con 7 puntos.

• Nomina campeona en Copa Colombia 2009: Agustín Julio, Sergio Otálvaro, Andrés F. González, Carlos Valdés, Ricardo Villarraga, Maximiliano Flotta, Yulián Anchico, Juan Carlos Quintero, Luis Manuel Seijas, Julio Gutiérrez, Cristian Nazarit. Suplentes: Daniel Vélez, Jairo Suárez, Omar Pérez, Mario Gómez, Mario González D.T.: Germán 'Basilico' González.