Sub-campeón Copa Conmebol 1996

Pasaron varios años sin que el equipo disputara cosas importantes, pero fue en la temporada 1995/1996, donde la Dimayor decidió realizar un cuadrangular con los equipos que habían quedado entre el noveno y duodécimo puesto para definir el clasificado por Colombia a la Copa Conmebol 1996, segundo torneo internacional más importante de Sudamérica en ese entonces. Los equipos que hicieron parte de dicho cuadrangular fueron Santa Fe, Independiente Medellín, Atlético Huila y Cortuluá; donde finalmente el "Expreso Rojo" logró imponerse a sus adversarios, consiguiendo el cupo para participar en la Copa Conmebol.

El primer rival en este torneo fue el Deportivo Táchira de Venezuela con el que igualó 2-2 de visitante y lo venció por 3-0 en el juego de vuelta en Bogotá. Su siguiente rival sería el Bragantino de Brasil al que derrotó 1-0 como local y sacó un empate sin goles en el Estadio Marcelo Stéfani de Brasil. En semifinales le correspondió enfrentar al Vasco da Gama, donde cayó por marcador de 2-1 como visitante en el Estadio Maracana, pero imponiéndose finalmente en el partido de vuelta por 1-0, igualando de esta forma el marcador global y obligando a la definición desde los 12 pasos, en donde salió vencedor por marcador de 6-5. En la otra llave se impuso Lanús de Argentina, quien había vencido a Rosario Central con un global de 6-1. El primer partido de la final se jugó en Buenos Aires, donde los locales ganaron por 2-0. Mientras que el partido de vuelta se disputó en el Estadio El Campín, donde Santa Fe apenas pudo ganar por 1-0, dejando el marcador global en 2-1 a favor de Lanús y entregando el subcampeonato al conjunto bogotano.

• Nomina De La Final Copa Conmebol 1996: Rafael Dudamel, Nelson Flórez, Wilson Gutiérrez, Orlando Garcés, Oscar Upegui, Roberto Vidales, Jorge Salcedo, Robert Villamizar , Francisco Wittingham, Silvero Ramón Penayo , Gustavo Díaz. Suplentes: Agustín Julio, Alejandro Zea, Grigori Méndez, Jhon Pérez y Farley Hoyos Dirección Técnica: Pablo Centrone.   

Sub-campeón Copa Merconorte 1999

Pasaron 3 años para que Santa Fe figurara de nuevo en el panorama internacional, esta vez en la Copa Merconorte 1999 gracias a una invitación que le hizo la conmebol, y donde participó junto a Millonarios y América de Cali, como representativos colombianos.

Santa Fe comenzó su única participación en este torneo en el grupo C junto al Caracas de Venezuela, el Emelec de Ecuador y el Sporting Cristal del Perú. Obteniendo al final de esta fase su clasificación a semifinales como primero de su grupo con 13 puntos, uno más que el Caracas que fue el segundo mejor clasificado del torneo, lo que le permitió enfrentarse de nuevo al "Expreso Rojo" en la penúltima fase de la copa. Allí los dos equipos igualaron 1-1 tanto en la capital venezolana como en Bogotá, lo que llevó a una disputa desde el punto penal con el fin de saber quién sería el que se enfrentaría al América de Cali en la final. En esta instancia fue Santa Fe quien se llevó la victoria al anotar el último penal por intermedio de Wilson Cano, dejando la serie 4-2 desde los 12 pasos.

El partido de ida de la final se disputó el 15 de diciembre de 1999 en el Estadio Pascual Guerrero de Cali, en aquella vez Santa Fe se fue abajo en el marcador en el minuto 12 de juego luego de que Nilson Pérez empalmara de manera providencial un balón bajado en el área, pero finalmente el rojo capitalino resultaría dándole vuelta al marcador cuando al partido apenas le quedaban 13 minutos para su conclusión, al minuto 77 fue David Hernández quien empato el juego para los de Bogotá y seis minutos más tarde Luis Alberto Moreno le dio la victoria final a Santa Fe, haciendo soñar tanto a hinchas como jugadores con la primera consagración internacional del equipo tras el subcampeonato en la Copa Conmebol. Fue entonces el 22 del mismo mes en el Estadio Nemesio Camacho El Campín donde se disputó el partido de vuelta de la final, presentándose un encuentro cerrado y sin mucha claridad por parte los dos equipos; tanto así que fue hasta el minuto 59 del segundo tiempo cuando se abrió el marcador por medio del delantero "escarlata" Jairo Catillo, logrando con esto el empate de la serie 2-2 para el América y obligando finalmente a una definición por penales, la cual se llevaron los "Diablos Rojos" con un 5-3 final, dejando otra vez a Santa Fe con las manos vacías.

• Nomina de la final Copa Merconorte 1999: Agustín Julio; Iván López, Adelmo Vallecilla, Hilario Cuenu, Edison González, Luis García, Emir González, Luis Moreno, Aldo Leao Ramírez, Wilson Cano, Jeffrey Díaz. Cambios: (72 Iván Velásquez) x Luis García y (46 David Hernández) x Aldo Ramírez Dirección Técnica: Fernando "Pecoso" Castro

En el Campeonato colombiano 2000 Santa Fe ocupa el segundo lugar en la fase regular con 74 puntos, 12 menos que el líder y posterior campeón América de Cali, finalmente en el cuadrangular final el equipo sería último, con un total de 7 unidades.